科技工程管理學系之課程規劃，除依循本校學程規劃之設計原則外，並參酌國內外相關系所課程之最新發展趨勢，以全方位的教育訓練、紮實的基礎奠定，培育兼具工程智識與管理素養之工程師、管理者或經營者。
科技工程管理學系之課程規劃以科技工程為主、管理為輔之主軸，有別於傳統的工業工程。科技工程 方面之課程約佔總課程之80％，主要含括資訊、電子、電機等工程領域之重點科目， 並著重於「積體電路設計與應用」、「計算機與通訊」、「系統整合設計與應用」三大部分。而科技管理方面的課程約佔總課程的20％，主要含括成為一位優秀管理者所需的 重點科目。
為使學生達成「工程專業與基本管理知識兼備」之教學目標，本系大學四年規劃之課程包括共同、通識、工程專業、管理基本等四大必修課程，以及專業工程與專業管理等二大選修課程，最低畢業學分共137學分，茲說明如下：
1) 共同必修課程：如國文、英文、英文聽力訓練(一)(二)、外語初級(一)(二)、勞務教育、服務學習、人生哲學等，共計18學分。
2) 通識必修課程：配合長榮大學通識教育之要求，共計12學分(含2學分必修通識「音樂欣賞」)。
3) 工程專業必修課程：含電腦電機工程之基礎與專業課程共計69學分，其中包括3門實習課程、兩學期之專題討論、兩學期之畢業專題實作。
4) 管理基本必修課程：共計20學分。
5) 專業工程選修課程：至少選修15學分，其中規劃三個學程(每學程需選修4門課共計12學分)供學生依據本身之興趣與未來發展方向，選擇任一學程修習，以此方式培養學生更專精的工程知識。
6) 專業管理選修課程：至少選修3學分(三門課程中擇一選修)以提升學生管理基本智能。
工程專業與管理基本必修科目如下：
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學期 |
課程 |
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工程專業必修 |
管理基本必修 |
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一上 |
物理學(3)、微積分(一)(3)、程式設計(3) |
經濟學(2)、會計學I(2) |
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一下 |
邏輯設計(3)、微積分(二)(3)、線性代數(3)、電路學(3) |
企業概論(2) |
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二上 |
工程數學(一)(3)、電子學(一)(3)、電子學實驗(一)(1)、資料結構(3)、計算機組織(3) |
管理學(3) |
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二下 |
工程數學(二)(3)、電子學(二)(3)、電子學實驗(二)(1)、電磁學 I(3)、超大型積體電路設計導論(3)、專題討論(一) (1) |
人力資源管理(3) |
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三上 |
機率與統計(3)、數位系統設計(3)、數位系統設計實習(1)、訊號與系統(3)、控制系統(3)、專題討論(二) (1) |
全面品質管理 I(3) |
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三下 |
畢業專題實作(一)(2)、通訊系統(3) |
行銷學(3) |
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四上 |
畢業專題實作(二)(2) |
科技管理(2) |
最低之選修學分數為18學分，選修課程之修習規定下：
1) 選修課程至少需包括科技工程領域之五門專業選修課程、及一門管理領域課程。
2) 科技工程領域選修之課程需完成以下三學程中之任一學程
a) 積體電路設計學程(任選下列四門課程)：數位積體電路、類比積體電路、半導體製程、SOPC晶片設計與應用、系統晶片導論、半導體元件、嵌入式系統設計、高頻電路設計。
b) 計算機與通訊學程(任選下列四門課程)：電腦網路、數位訊號處理導論、數位影像處理導論、作業系統、離散數學、數位通訊系統、嵌入式系統設計、通信電子學。
c) 工程系統設計與應用學程(任選下列四門課程)：生物感測系統、機電整合、動態系統分析與設計、數值分析、機器人學、SOPC晶片設計與應用、嵌入式系統設計、感測器理論與應用。
3) 管理領域課程需任選以下三課程中之任一，並成績及格： 作業研究、技術管理、專案管理。