• 資訊工程學系
• 資訊工程學系產業自動化資訊人才專班
• 資訊工程學系學士後專班
• 數位媒體設計學系

• 醫務管理學系(碩)
• 護理學系(碩)
• 保健營養學系
• 職業安全與衛生學系(碩、碩專)
• 食品安全衛生與檢驗學士學位學程

• 生物科技學系

• 綠能與環境資源學系
• 食品安全衛生與檢驗學士學位學程
• 消防安全學士學位學程

• 數位媒體設計學系
• 營建工程安全學士學位學程

• 美術學系(碩)
• 書畫藝術學系

• 健康心理學系
• 社會工作學系(碩)

• 大眾傳播學系

• 翻譯學系(碩)
• 應用日語學系

• 土地管理與開發學系

• 企業管理學系
• 國際企業學系
• 航運管理學系
• 土地管理與開發學系
• 觀光與餐飲管理學系
• 醫務管理學系(碩)
• 運動競技學系(進修、碩)
• 管理進修學士學位學程

• 國際企業學系
• 會計資訊學系
• 財務金融學系

• 觀光與餐飲管理學系
• 運動競技學系(進修、碩)

健康科學學院

• 醫務管理學系(碩)
• 護理學系(碩)
• 生物科技學系
• 健康心理學系
• 保健營養學系

• 醫學研究所
• 醫藥科學產業學系
• 蘭花產業應用學士學位學程

• 高齡產業研究中心
• 精釀發酵研究中心

人文社會學院

• 大眾傳播學系
• 翻譯學系(碩)
• 社會工作學系(碩)
• 應用日語學系
• 運動競技學系(進修、碩)
• 美術學系(碩)
• 書畫藝術學系

• 應用哲學系
• 東南亞文化與產業學士學位學程
• 醫學社會暨健康照護學士學位學程
• 台灣文化創意產業學士學位學程
• International Program in Translation and Interpreting
• 長榮之聲電台

• 金屬工藝創意中心

資訊暨設計學院

• 資訊暨設計碩士學位學程
• 資訊工程學系
• 資訊工程學系產業自動化資訊人才專班
• 資訊工程學系學士後專班
• 數位媒體設計學系

• 資訊暨設計學院學士班
• 資訊管理學系
• 數位內容設計學系
• 科技工程與管理學系
• 互動設計學系

• 人工智慧研究中心

安全衛生科學學院

• 安全衛生科學碩士學位學程
• 安全衛生科學碩士在職學位學程
• 職業安全與衛生學系(碩、碩專)
• 綠能與環境資源學系
• 食品安全衛生與檢驗學士學位學程
• 消防安全學士學位學程
• 營建工程安全學士學位學程

• 無人機應用學士學位學程

• 職業暨環境與食品安全研究中心
• 職業安全衛生與職業醫學研究中心
• 環境資訊研究中心
• ESG 產業永續研究中心

永續教育學院

• 應用社會科學碩士在職學位學程
• 運動競技學系(進修、碩)
• 管理進修學士學位學程

• 日語進修學士學位學程
• 觀光與餐飲服務事業進修學士學位學程
• 職安消防進修學士學位學程
• 推廣教育中心

環境教育國際實驗學院

• 永續發展國際學士學位學程(限國際學生)

• 國際珍古德根與芽生態教育中心
• International Bachelor Degree Program for Sustainable Development

• 社會力研究發展中心

神學院

• 神學系

博雅教育學部

• 通識教育中心
• 語文教育中心
• 共同教育中心
• 華語文教育中心
• CJCU Pre-U Chinese Program